Lo stemma civico di Acquarica del Capo raffigura una fontana d’oro dalla quale si innalza un lungo zampillo d’acqua; tale simbolo sta a rappresentare l’abbondanza di acqua nel territorio.
La presenza dell’uomo sul territorio di Acquarica, fin dai tempi più remoti, è testimoniata dai ritrovamenti risalenti al Neolitico, al Paleolitico e all’età del Bronzo avvenuti nella Caverna della Madonna della Grotta.
Varie ipotesi sono state formulate sulle origini del centro. Secondo alcuni, Acquarica del Capo nacque nel IV secolo d.C. grazie alla ricchezza d’acqua che favorì l’insediamento delle prime popolazioni. È presumibile che nell’XI secolo vi fossero un insediamento in Acquarica (zona del Castello) e un altro nella zona del casale di Celsorizzo.
Secondo un’altra ipotesi, nelle vicinanze del posto in cui, oggi, sorge il paese, anticamente esistevano tre casali: Cardigliano, Ceciovizzo (oggi Celsorizzo) e Pompignano.
I casali di Ceciovizzo e Cardigliano sono, fino a un certo tempo, coesistiti con Acquarica; non è così per Pompignano: tra il IX all’XI secolo i Saraceni invasero e distrussero Pompignano e gli abitanti si rifugiarono verso l’interno del territorio e, vista la bontà e l’abbondanza delle acque, vi si fermarono ed eressero la nuova patria, che proprio per la ricchezza delle acque, chiamarono Acquarica: «acqua ricca».
Più tardi, caduti i casali Ceciovizzo e Cardigliano, i loro abitanti vennero a ingrossare la popolazione di Acquarica che, nelle vecchie carte è contrassegnata con l’aggiunta «de Lama», che in latino significa laguna, ristagno d’acqua, dalla quale deriva il nome della contrada «Lama».
Questo ristagno scomparve dopo che si formò la «vora», che inghiottì tutte le acque provocando il prosciugamento della zona. Ancora oggi questa voragine naturale è attiva e assorbe enormi quantitativi di acqua.
Alla fine del secolo XII, comunque, quando esisteva una qualche struttura difensiva, Acquarica apparteneva a tal «cavalier Guarino». Il secolo successivo vide come feudatari i Bonsecolo.
Dopo i Bonsecolo, l’elenco dei feudatari del casale di Celsorizzo è diversificato: verso il 1270 Caterina Bonsecolo sposò Pasquale Guarino, luogotenente del partito angioino nella lotta contro quello svevo. Nel 1275 successe dunque Guglielmo Pisanello, la cui unica erede sposò Riccardo Sangineto e poi, all'inizio del XIV secolo, Guglielmo De Sion, detto il "Merlotto" e il cavalier Syclasio. Segurono Goffredo Alemanno e Amelina Delli Castelli nel 1353.
Solo alla fine del XIV secolo gli Orsini possedettero insieme Acquarica e Celsorizzo; ma bisognerà attendere i Guarino, nella prima metà del secolo XVI, per ritrovarli sotto un unico feudatario.
Dopo aver fatto parte dei possedimenti di Raimondello Orsini principe di Taranto, nel 1407 fu assegnata, con Presicce, a Lorenzo Drimi (o Indrini).
Estinta questa casata Acquarica ritornò tra i beni del principe di Taranto nel 1432, il quale è probabile che abbia riedificato il Castello di origine normanna, all’interno del quale vi era una cappella dedicata a S. Francesco.
Nel 1447 costui, il famoso Giovanni Antonio Orsini, vendette il casale con l’annesso castello ad Agostino Guarino. Nel 1476 subentrò Roberto Securo e nel 1504 Fabio Guarino; i Guarino la tennero fino al 1528 quando la perdettero per fellonia, avendo partecipato alla rivolta antispagnola a fianco dei francesi. Barone in quell’infausto anno era Pietro Paolo; il suo feudo fu concesso allo spagnolo Ferrante D’IIlascas «guardiano e secreto della dogana di Cotrone».
Nell’informazione fiscale del 1531 — al tempo di Giovan Paolo Guarino — si legge che il casale di Acquarica Capitis «tiene certa muralla o reducto para los villanos en tempo de guerra». Il Castello era cinto da fossato se in un documento del 1688 si parla di un «loco detto lo fosse de lo castello».
Nel 1536, Fabrizio Guarino comprò il feudo per 1300 ducati, inaugurando così un periodo di floridezza.
Il monumento religioso più antico di Acquarica è la cappella di San Nicola di Mira sottostante la torre di Celsorizzo. Più antica è la grotta affiancata alla cappella di S. Maria dei Panetti, dedicata all’Assunzione, che «anticamente era parrocchiale quando in quella contrada (Celsorizzo) c’era un villaggio mentre in seguito altri abitanti vennero ad ingrandire Acquarica», affermazioni che si ricavano da una fonte del 1711.
AI XVI secolo appartengono anche le strutture fortificate delle masserie Volpi e Colombo; di eccezionale qualità le torri gemelle della masseria Baroni, sita all’altezza della «Madonna di Pompiniano».
Con la graduale perdita d’importanza del casale di Celsorizzo (abitato fino al XVI secolo) l’antica Parrocchiale della Madonna dei Panetti è sostituita, forse nel corso del XVI secolo, dalla chiesa dedicata a S. Giovanni Battista, al centro del borgo, che costituisce insieme al Castello il secondo polo di aggregazione.
Nel 1557 il feudo fu acquistato dalla Baronessa di Sant'Elia, Silvia Delli Falconi. Con l’aumento demografico che si registra a partire dalla seconda metà del Cinquecento — inizi Seicento, evento importante è la costruzione di una nuova Parrocchiale in onore di S. Carlo Borromeo (1619), nello spazio antistante il Castello. Altra circostanza favorevole a questa realizzazione è data dalle maggiori disponibilità economiche della famiglia Guarino: nel 1594 Fabrizio riscatta Acquarica e sposa Laura D’Ayello, acquistando la baronia di Alessano; e proprio a un voto del Guarino, ammalatosi a Napoli e poi guarito, è legata la costruzione della nuova chiesa, consacrata nel 1619.
Il secolo seguente sarà, nella sua generale depressione, ancora più grave per Acquarica. La stessa dimensione urbanistica lo testimonia: dell’epoca rimane soltanto la ricostruzione, nel 1661, della parrocchiale dedicata a S. Carlo Borromeo; nella prima metà del secolo è edificata anche la cappella della Madonna del Ponte, ricostruita agli inizi del Novecento.
In seguito il paese assunse il nome di Centellas, dal cognome del feudatario Giovanni Centellas che ne era il padrone nel 1669. Cessato il breve dominio di costui, riprese il nome di Acquarica con l’aggiunta «del Capo», per distinguersi da una frazione omonima di Vernole.
Fino al 1806, anno in cui venne meno la feudalità, Acquarica fu governata dal Principe Giuseppe D'Aragona, dal Duca Zunica e da Luisa Riario Sforza.
Ottocentesca è la chiesa di S. Giovanni Battista dove nei decenni passati si poteva leggere un’iscrizione greca.
Nel secolo XIX passato divenne famosa la produzione locale di recipienti costruiti col giunco delle paludi del litorale ionico. Questa produzione fu premiata all’Esposizione mondiale di Vienna del 1873; da allora si cominciò a esportarlo in Europa ed oltre. Di questa tradizione viene custodita memoria nelle stanze del Museo del Giunco presso il Castello Medioevale.
A seguito di referendum del 16 dicembre 2018, il Comune di Acquarica del Capo si è fuso con il Comune di Presicce nel nuovo Comune di Presicce-Acquarica, istituito il 15 maggio 2019 giusta Legge Regionale n. 2 del 22 febbraio 2019, pubblicata sul Bollettino Ufficiale della Regione Puglia n. 22, parte prima, del 22 febbraio 2019.
Presicce-Acquarica è la prima fusione di comuni in Puglia dell'età Repubblicana: i due centri, che già costituivano fisicamente un'unica città, si sono anche uniti amministrativamente e l'elezione del primo sindaco si è tenuta il 20 e 21 settembre 2020.